時は１７世紀の大航海時代。

　マルコポーロの帰国から約二世紀後のお話。

　小さな港町で船乗りの見習いをしている少女『リサリサ・バナール』は、口は悪いが気だての良い少女。父の残した航海日誌を読み、大海原への冒険に想いを馳せている。
リサリサの父、『バルバル』は、航海中に嵐に見舞われ、行方不明になってしまったのだ。

　当時ヨーロッパ諸国の貿易の本流は、大きな船で西インド諸島に出向き、胡椒・シナモン・ナツメグなどを買いあさってくる事であり、それを『スパイスレース』と呼んでいたのだ。
　しかし、西インド諸島への旅は危険極まりないもので、嵐、疫病、海賊や敵国からの攻撃、様々な困難が待ち受けていて、バルバルも危険なスパイスレースの犠牲となっていたのだ。

そんな中、巷で囁かれる『伝説の書物』の噂。

　書物には、安全な航路・疫病の治し片・魔物の退治法・・・そして更に、『竜の門』への航路が記されていて、そこには数々の『奇跡の技』が眠っていると言う。そして、その書物は、どうやらリサリサが持っている、父の形見の航海日誌だと・・・。

ひょんな事から、航海日誌が、魔法使い『ズブロッカ卿』の手に渡ってしまい、竜の門へ向けて出航してしまったからさあ大変！
　リサリサの奇想天外、空前絶後の大冒険は、『東インド会社』『海賊』さらには遙か日本から徳川の勅命を受けた『学者』を巻き込み、今、始まるのであった！